„Akademia Pana Kleksa” to uwspółcześniona wersja klasycznej bajki Brzechwy, przemawiająca swoją treścią i formą do najmłodszych, ale i wchodząca w dialog ze starszymi widzami, którzy wciąż pamiętają kultową ekranizację z lat 80.

Film przedstawia historię pozornie zwykłej dziewczynki - Ady Niezgódki - która trafia do tytułowej Akademii, żeby poznać świat bajek, wyobraźni i kreatywności.

Przy pomocy wybitnego i szalonego pedagoga profesora Ambrożego Kleksa rozwija swoje niesamowite umiejętności, a także wpada na ślad, który pomoże jej rozwikłać największą rodzinną tajemnicę…